nkf の -M オプションは、先に変換が入るためバイナリファイルのエンコードには使えない。nkfはテキストメール前提なので、JIS(ISO-2022-JP)にいったん変換してからエンコードするということらしい。
バイナリファイルを nkf -MB でエンコードして nkf -mB で戻すと全然違うファイルが出来上がる。


$ nkf -MB < 1.zip > 1.b64
$ nkf -mB < 1.b64 > 2.zip
$ md5 1.zip 2.zip
MD5 (1.zip) = 42558acff029a174684f9cf3772c9847
MD5 (2.zip) = 288077e040f5787d3767c72956ae6bf2

nkfではなく、base64コマンドを使うことできちんとエンコードできる。

$ base64 -b 72 < 1.zip > 1.b64
$ base64 -D 1.b64 > 2.zip
$ md5 1.zip 2.zip
MD5 (1.zip) = 42558acff029a174684f9cf3772c9847
MD5 (2.zip) = 42558acff029a174684f9cf3772c9847

上記はMac OS Xのシェル上で実行した結果。
Linux(GNU coreutils)のbase64コマンドは、デコードオプションが -D ではなく -d なので注意。